Sistema de colas

El  cluster utiliza el programa SLURM (Simple Linux Utility for Resource  Management), el cual administra los recursos (cores o nodos) asignados a  un cálculo. De esta manera varios cálculos pueden ser enviados al mismo  tiempo y quedarán en cola si no hay recursos disponibles.
Se recomienda el uso de un script para enviar trabajos a las colas. En la carpeta Calculos/ podrá encontrar un ejemplo para correr trabajos en serie o en paralelo:

run_serial.sh

run_parallel.sh

Acá se muestra un ejemplo del archivo de cola en serie:

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=parallel
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --job-name="test"
#SBATCH --output=test.out.%j

cd /home/<USUARIO>/Calculos/

<Comandos ejecutar>

Colas disponibles

El cluster cuenta con dos colas de trabajo o particiones:

• parallel: para trabajos en paralelo se debe modificar las siguientes líneas
  • #SBATCH --partition=parallel
  • #SBATCH --nodes=N (N puede tomar valores de 1 hasta 15)
  • #SBATCH --ntasks-per-node=64 (Este número no debería de cambiarse)
• serial:  para trabajos secuenciales o en serie, solo se puede correr con un solo core
  • #SBATCH --partition=serial
  • #SBATCH --nodes=1
  • #SBATCH --ntasks-per-node=1

Dependiendo de la necesidad la persona usuaria siempre debe de especificar la cola con la que va a trabajar.
Para enviar un cálculo a la cola, desde la línea de comando y desde el directorio en donde se encuentra el archivo de cola:

sbatch run_serial.sh

o en su defecto:

sbatch run_parallel.sh