Software
Sobre la instalación de software
Existen dos maneras para instalar algún software en el clúster:
- Instalándolo localmente en la cuenta del usuario/a.
- Haciendo la petición al equipo técnico para instalar el software y darle acceso a todos los usuarios/as.
Las ventajas de una y otra manera radica en la necesidad de que más usuarios/as tengan acceso a ese software.
Programas instalados
| Programa | Versión | Module load | Conda active |
| Abinit | 9.6.2 | Abinit-9.6.2 | |
| Amber20* | 20 | Amber20 | |
| Comsol Multiphysics* | 5.1 | Comsol-5.1 | |
| Crest | 2.11.2 | Crest-2.11.2 | |
| DM21 | dm21 | ||
| EPW | 4 | QuantumEspresso-7.0 | |
| FermiPy | 1.0.1 | fermipy | |
| Bioinformática | |||
| Anvio | 7.1 | anvio-7.1 | |
| Barrnap | 0.9 | bioinfo | |
| BBMap | 39.01 | bbmap-39.01 |
Uso de module para cargar programas
Los módulos de ambiente permiten a la persona usuaria cargar las variables necesarias para que desde la terminal se puedan encontrar los archivos ejecutables. A continuación se muestra la lista de comando más usados:
| Comando | Descripción |
|---|---|
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module avail
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Muestra lista de módulos de ambiente disponibles
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module load <env>
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Carga el módulo <env>
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module unload <env>
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Remueve el módulo <env>
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|
module list
|
Muestra los módulos cargados
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module switch <env1> <env2>
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Cambia el <env1> por el <env2>
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Anaconda
Para correr Anaconda por primera vez es necesario ejecutar el siguiente comando:
/opt/ohpc/pub/miniconda3/bin/conda init bash
| Comando | Descripción |
|---|---|
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/opt/ohpc/pub/miniconda3/bin/conda init bash
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Para activar Anaconda por primera vez.
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conda env list
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Lista de ambientes instalados
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conda list
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Lista de paquetes instalados
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conda activate <ambiente>
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Activar un ambiente
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conda deactivate
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Desactivar Anaconda
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conda config --set auto_activate_base false
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Desactivar Anaconda permanentemente
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Adicionalmente podrá encontrar más información en el siguiente enlace: Conda cheat sheet